Utilização de dois marcadores informativos de ancestralidade para estudos de caso-controle

Abstract

Um dos desafios nos estudos genéticos é usar a pequena quantidade de diferenciação genética entre populações para inferir a história das migrações humanas. As diferenças genéticas entre as populações humanas derivam principalmente de gradações nas taxas de frequências alélicas a partir de genótipos distintos. A estrutura populacional foi identificada a partir da acumulação de diferenças de pequenas frequências alélicas através de muitos loci. Neste trabalho foram genotipados dois marcadores (APO e PV92) em uma amostra de 200 catarinenses (AR – Artrite Reumatoide e PSC – População de Santa Catarina), sem relação de parentesco entre si, doadores voluntários. Um desvio o Equilíbrio de Hardy-Weinberg (p<0,050), no grupo amostral AR (PV92 – p= 0,000), foi realizado o Qui-Quadrado de homogeneidade, tanto para o marcador APO como para o PV92, a hipótese nula foi rejeitada, ou seja, os dois grupos amostrais não são homogêneos quanto às classes fenotípicas. Para APO o X2 calculado (26,6025) foi bem maior do que o X2 tabelado (5,99), e para PV92 o X2 calculado (32,2801) foi bem maior do que o X2 tabelado (5,99). Associações entre loci não ligados sugere miscigenação recente, sendo considerada tão mais recente quanto maior for desequilíbrio de ligação por mistura. Não foram observadas associações entre os loci para a população de casos e para a de controle. A partir de testes exatos, foram encontradas diferenças alélicas e genotípicas entre as duas populações estudadas, ou seja, o valor de p<0,05 tanto para a diferenciação alélica (APO – 0; PV92 – 0,00072) como para a populacional (APO – 0; PV – 0,00618). Portanto, rejeita-se a hipótese de que os alelos e genótipos possuem a mesma distribuição em casos e controles, ou seja, são diferentes.

One of the challenges in genetic studies is to use small amount of genetic differentiation among populations to infer the history of human migrations. Genetic differences among human populations derive mainly from gradients in allele frequencies from different genotypes. The population structure was identified from the accumulation of small differences in allele frequencies across many loci. In this work were genotiped two markers (APO e PV92) in a sample of 200 in Santa Catarina (AR-Rheumatoid Arthritis and PSC – Population of Santa Catarina), no relation to each other, volunteer donors. A deviation from Hardy-Weinberg equilibrium (p<0 .050), AR Group (PV92-p=0.000), was held the Chi-square of homogeneity for both the APO and the PV92 marker, the null hypothesis was rejected, i.e. the two sample groups are not homogeneous with regard to phenotypic classes. For APO the x 2 calculated (26.6025) was much larger than the x 2 tabled (5.99), and for the x 2 PV92 calculated (32.2801) was much larger than the x 2 tabled (5.99). An association between loci not linked suggests recent miscegenation, being considered as latest the greater imbalance of connection by blending. Associations were not observed between the loci for population of cases and for the control. From exact tests, allele and genotype differences were found between the two populations studied, i.e., the value of p<0.05 for both the allelic differentiation (APO-0; PV92 – 0.00072) as for the population differentiation (APO-0; PV-0.00618). Therefore, rejects the hypothesis that the alleles and genotypes have the same distribution in cases and controls, i.e. they are different.