Genômica de Trypanosoma evansi: montagem híbrida, avaliação de qualidade e implicações adaptativas

Abstract

Trypanosoma evansi, agente etiológico da Surra (mal de cadeiras), apresenta ampla distribuição geográfica e grande importância veterinária, mas ainda carece de dados genômicos abrangentes para linhagens sulamericanas. Neste estudo, foi gerada uma montagem genômica híbrida de alta qualidade do isolado T. evansi Uruguaiana, integrando sequenciamento de leituras longas e curtas, seguido de refinamento e curadoria estrutural. A análise incluiu inspeção de cobertura, anotação de elementos repetitivos, avaliação de telômeros, comparação estrutural com genomas de referência, inferência ortológica e estimação de distâncias genômicas. O genoma apresentou elevada estabilidade nuclear, forte sintenia com T. brucei e conteúdo repetitivo reduzido, padrão compatível com a evolução clonal prolongada característica de linhagens disquinéticas. Foram identificados 1.022 loci VSG e 38 ESAG, majoritariamente fragmentados e concentrados em regiões subteloméricas, indicando preservação parcial dos mecanismos de variação antigênica. A ausência completa de maxicírculos funcionais confirmou o estado disquinético do isolado. Este trabalho representa a caracterização genômica mais abrangente de um isolado brasileiro de T. evansi, ampliando o entendimento sobre a diversidade regional do parasita e fornecendo subsídios para estudos epidemiológicos, evolutivos e diagnósticos em áreas endêmicas.

Abstract: Trypanosoma evansi, the causative agent of Surra (mal de cadeiras), is a widely distributed and economically relevant veterinary pathogen, yet genomic data for South American isolates remain limited. In this study, we generated a high-quality hybrid genome assembly of the T. evansi Uruguaiana isolate by integrating long-read and short-read sequencing, followed by extensive refinement and structural curation. The analyses encompassed coverage profiling, repeat annotation, telomeric mapping, structural comparison with reference genomes, orthology inference, and assessment of genome-wide distances. The assembly exhibited marked nuclear stability, strong synteny with T. brucei, and reduced repetitive content, all features consistent with the prolonged clonal evolution typical of dyskinetoplastic lineages. A total of 1,022 VSG and 38 ESAG loci were identified, mostly fragmented and concentrated within subtelomeric regions, indicating partial preservation of antigenic variation mechanisms. The complete absence of functional maxicircles confirmed the dyskinetoplastic state of the isolate. This work represents the most comprehensive genomic characterization of a Brazilian T. evansi isolate to date, contributing valuable insights into regional parasite diversity and supporting epidemiological, evolutionary, and diagnostic research in endemic areas.