Identificação de microrganismos com base no sequenciamento do metagenoma de frutos de videira

Abstract

A viticultura desempenha um papel fundamental na economia mundial. No cenário nacional, o Brasil enfrenta desafios sanitários, principalmente relacionados a doenças fúngicas, como a podridão da uva madura, causada por diversas espécies do gênero Colletotrichum spp. Essa doença compromete a qualidade e a produtividade das colheitas, levando os produtores a adotar medidas de controle e minimização dos danos, como a colheita antecipada e o uso excessivo de fungicidas não específicos, sendo prejudicial à saúde e ao meio ambiente. Nesse cenário, a identificação da diversidade das espécies de Colletotrichum spp., associadas aos sintomas da podridão da uva madura, e de possíveis outros fungos e bactérias, através do sequenciamento do metagenoma de nova geração (NGS) constitui uma estratégia inovadora para o desenvolvimento de protocolos para monitoramento da ocorrência de espécies patogênicas, bem como para a formação de um banco de dados que permitirão a compreensão da doença e futuras pesquisas. Dessa forma, o objetivo deste projeto é sequenciar o metagenoma de espécies associadas à podridão da uva madura, visando soluções sustentáveis para os desafios enfrentados pelos viticultores em relação a esta e demais doenças na videira. As variedades utilizadas foram Calardis, GF10, Merlot, Montepulciano, Sangiovese e Sauvignon Blanc, obtidas dos vinhedos da Estação Experimental de Videira (EPAGRI) e de Curitibanos (UFSC). O protocolo de extração de DNA que apresentou melhor resultado foi adaptado do protocolo desenvolvido por Doyle e Doyle, obtendo-se importante quantidade do material e com alta qualidade. Além disso, os materiais apresentaram amplificação para o primer ITS, o que é um indício da presença de DNA fúngico e, portanto, um indicativo da adequada extração. As condições climáticas nas regiões analisadas foram propícias ao desenvolvimento de fitopatógenos nos meses anteriores e de colheita.