Vigilância Genômica de SARS-CoV-2 em Florianópolis, Santa Catarina, Durante a Terceira Onda da Pandemia da COVID-19

Abstract

O cenário da pandemia por SARS-CoV-2, vírus causador da COVID-19, foi marcado em 2021 pela troca de dominância da variante Gamma para Delta, seguido por uma diminuição do número de casos e de óbitos. A introdução da variante Ômicron no Brasil causou uma mudança no perfil de prevalência dos casos, aumentando expressivamente o número de notificações da doença. Neste contexto, técnicas de vigilância genômica se fizeram importantes para conhecer a genética do vírus e avaliar as variantes e linhagens, além de sua dinâmica de transmissão. Diante disto, foi avaliada a vigilância genômica do SARS-CoV-2 na região de Florianópolis, no estado de Santa Catarina, tendo em vista importância socioeconômica, turística e de alta concentração populacional desta localização. Foram analisados 338 genomas completos de SARS-CoV-2 obtidos de amostras coletadas entre novembro de 2021 e abril de 2022 nesta região, utilizando a tecnologia Oxford Nanopore (ONT). As variantes mais frequentes encontradas neste estudo foram da Delta (AY.101) e Ômicron (BA.1.1), e todos os genomas analisados tiveram cobertura de mais de 90%. Foi observado um padrão similar entre a distribuição das linhagens neste período quando comparado às encontradas em Santa Catarina e no Brasil. Os resultados deste trabalho contribuem para o conhecimento das variantes e linhagens de SARS-CoV-2 que estavam circulando em Florianópolis durante a terceira onda da COVID-19. Ainda, este estudo demonstra a importância do investimento em técnicas de vigilância genômica no controle da pandemia da COVID-19.

The scenario of the SARS-CoV-2 pandemic, the virus that causes COVID-19, was marked in 2021 by the dominance shift from the Gamma variant to the Delta variant, followed by a decrease in the number of cases and deaths. The introduction of the Omicron variant in Brazil caused a change in prevalence cases, significantly increasing the number of disease notifications. In this context, genomic surveillance techniques played an important role in understanding the genetics of the virus and assessing the variants and lineages, as well as their transmission dynamics. Therefore, genomic surveillance of SARS-CoV-2 was evaluated in the Florianópolis region, in the state of Santa Catarina, considering its socioeconomic importance, tourist appeal and high population density. A total of 338 complete SARS-CoV-2 genomes obtained from samples collected between November 2021 and April 2022 in this region were analyzed using Oxford Nanopore Technology (ONT). The most frequent variants found in this study were Delta variant (AY.101) and Omicron variant (BA.1.1), and all the analyzed genomes had coverage values above 90%. A similar pattern was observed in the distribution of lineages during this period when compared to those found in Santa Catarina and Brazil. The results of this study contribute to the understanding of the variants and lineages of SARS-CoV-2 that were circulating in the Florianópolis region during the third wave of COVID-19. This study demonstrates the importance of investing in genomic surveillance techniques in controlling the COVID-19 pandemic.