O NEPEA - Núcleo de Ensino, Pesquisa e Extensão em Agroecologia, se consolidou em 2013, e tem como principal objetivo integrar de forma continuada atividades de ensino, pesquisa e extensão em agroecologia das instituições integrantes do núcleo. O público alvo do núcleo são, os agricultores familiares, agricultores em transição, agentes de ATER, estudantes do ensino superior (graduação e pós-graduação), professores universitários e tomadores de decisões sobre o manejo de recursos naturais. Diversos trabalhos de pesquisa na area de agroecologia, com ênfase no sistema de plantio direto de hortaliças (SPDH), com adubação verde e culturas de cobertura sem o uso de herbicidas são realizados com a participação direta dos agricultores e o acompanhamento dos estudantes. Fazem parte do NEPEA os laboratórios de Classificação e Manejo de Solo, de Ecologia do Solo, e de Solos, Água e Tecidos Vegetais.