Dinâmica Não-adiabática em Sistemas Quânticos Abertos

Abstract

Pela natureza particularmente complexa do seus objetos, o campo de estudo em sistemas moleculares depende fortemente de modelos aproximados e do auxilio de simulações computacionais. Neste trabalho, fizemos uma breve revisão de literatura sobre os modelos LCAO(Combinação linear de orbitais atômicos) e discutimos algumas de suas peculiaridades e justificativas intuitivas. Depois voltamo-nos para algumas propriedades físicas e químicas que são responsáveis pela geometria de dupla hélice característica do DNA. Explicamos como, a partir de interações atômicas, emerge a propriedade global da conformação específica de fitas curtas de DNA, no caso: A-DNA e B-DNA. Finalmente, usando de pacotes computacionais do AMBER MD, mostramos alguns resultados de simulações computacionais de mudança de conformação (de A-DNA para B-DNA) em dois casos: solventes de água e íons, e solvente de 20% Etanol e 80% água. Concluímos que na primeira há mudança de conformação mas na segunda não, evidenciando a dependência do ambiente para a estabilidade da geometria da fita de DNA