Avaliação de marcadores de sequenciamento RAD para inferência filogenética de máxima verossimilhança no gênero Barbacenia (Velloziaceae)

Abstract

Neste trabalho, testei marcadores obtidos a partir do sequenciamento RAD (Restricted siteassociated DNA sequencing) para a inferência de filogenias em um clado de plantas tropicais. Todas as análises foram feitas com a utilização de pipelines de montagem de genomas e de inferência filogenética de acesso livre. Para isso, amostras de sequenciamento RAD de 31 espécies do gênero Barbacenia, previamente coletadas e sequenciadas, foram analisadas. Os alinhamentos foram testados com parâmetros distintos e os diferentes datasets resultantes foram analisados para a reconstrução de uma árvore filogenética com método de inferência de máxima verosimilhança. As árvores filogenéticas resultantes de cada alinhamento foram comparadas para verificar os parâmetros como sustentação e comprimento dos ramos. As árvores inferidas somente com base nos marcadores RAD foram então comparadas com o conhecimento científico mais atual sobre a família, que baseia-se em quatro sequências intergênicas obtidas pelo método de sequenciamento Sanger. Com isso, foi possível identificar resultados discrepantes entre os marcadores, a partir dos quais o potencial de utilização de marcadores RAD foi avaliado, especialmente no que diz respeito à resolução das relações referentes aos nós mais profundos da filogenia em questão.

I tested the precision of markers obtained by RAD (Restricted site-associated DNA) sequencing to infer phylogenies in a clade of tropical plants by the utilization of freely accessible pipelines. For that, samples of 31 species of the genus Barbacenia, previously collected and sequenced, were analyzed using assemblage pipelines. This process was tested with different parameters and the resulting datasets were analyzed to infer a phylogenetic tree by the method of maximum likelihood. The resulting trees were compared to verify parameters such as branch length and node support. The trees inferred using RAD markers only were then compared to the current knowledge of the group, which is based on 4 intergenic sequences obtained by the Sanger sequencing method. By evaluating the obtained trees and the combined tree it was possible to identify possible discrepancies within the methods. These analyses showed the potential of using RAD markers to elucidate phylogenetic relationships, especially regarding the most ancient nodes within this group.