Análise de bioinformática integrada do gene SMIM1: expressão, estrutura tridimensional e vias metabólicas relacionadas a fenótipos de obesidade e dislipidemia

Abstract

A classificação e categorização dos sistemas sanguíneos baseia-se na especificidade dos antígenos presentes nos glóbulos vermelhos para cada grupo sanguíneo. O gene SMIM1 codifica a proteína Vel, que atua como antígeno e participa da formação das hemácias. Em indivíduos portadores da variante rs566629828, o gene SMIM1 sofre a deleção de 17 pares de bases e a proteína Vel não é traduzida, determinando o raro tipo sanguíneo Vel-negativo, o qual pode causar complicações transfusionais importantes. Além disso, estudos recentes sugerem que ausência da proteína Vel pode estar associada, além da diminuição do número de eritrócitos, a alterações metabólicas como aumento de gordura corporal, dislipidemia, alterações na função hepática, assim aumentando o risco para desenvolvimento de obesidade. Assim, este estudo teve como objetivo predizer a patogenicidade das variantes do SMIM1 do tipo missense disponíveis na base de dados dbSNP e traçar um panorama comparativo quanto as anotações genéticas do SMIM1 internacionalmente versus nacionalmente, além de identificar as interações proteicas realizadas pelo SMIM1 com outras proteínas com papel regulador metabólico e eritrocitário afim de entender o papel do Vel no organismo e as possíveis consequências metabólicas da sua não tradução. Das 117 variantes do tipo missense angariadas no dbSNP, 36 delas foram classificadas como provavelmente patogênicas a partir de plataformas de predição de dano de substituição de nucleotídeo único. As variantes do SMIM1 disponíveis nas bases de dados nacionais SELAdb e ABraOM eram escassas frente ao panorama de anotações internacionais tanto em número quanto de tipo, sendo majoritariamente com funções no máximo reguladoras proteicas. Para o estudo de interações proteicas, foram identificadas 5 proteínas de interesse metabólico e eritrocitário que interagiam com a proteína Vel, estas foram analisadas por meio de Docking Molecular e foi elucidado a qualidade e estabilidade dos complexos proteína-proteína formados. Com isso, este estudo contribuiu para a compreensão do cenário de anotações de variantes genéticas do gene SMIM1 e também para a identificação de novos alvos moleculares do SMIM1, o papel do Vel como possível regulador metabólico e eritrocitário e as possíveis consequências dadas pela sua não tradução.